1. 艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治

2. 中医药脑病循证能力提升及平台建设

3. 治疗慢性肠炎的院内制剂芪芍颗粒的研究

4. 芪芍颗粒治疗慢性肠炎的临床疗效评价研究

5. 治疗慢性肠炎院内制剂芪芍颗粒提取工艺的研究

6. 喘康胶囊治疗支气管哮喘（寒哮）临床研究

7. 支气管哮喘（冷哮）临床规范化诊治方案研究

8. 揿针联合香砂六君子汤治疗脾胃虚弱型功能性消化不良的临床研究

9. 抗溃疡性结肠炎中药有效成分的快速筛选及作用机制研究

10. 肠愈康颗粒、肠安宁颗粒院内制剂研发

11.基于“扶正祛瘀，化湿解毒”理论探讨芪芍颗粒治疗溃疡性结肠炎的作用机制

王晓岩在临床中认为脾胃位居中央，为后天之本、气血生化之源，在疾病发生、发展、转归中起着重要作用，故在临床临证中始终把调补脾胃放在首位。王晓岩一直攻研脾胃病的研究，在临证处方时融李东垣脾胃元气学说、叶天士胃阴学说于一体，强调“脾胃为本，调气为先”，以调节气机的升降出入为辨证依据和遣方用药的原则。同时在临证中王晓岩在溃疡性结肠炎的诊治方面见解独到，认为其病情反复与情绪关系密切，强调“身心同调，疏肝健脾”，其“炎症性肠病中医药治疗体系构建与推广应用”“复治肺结核中西医结合诊疗技术随机对照研究及推广应用”获吉林省科学技术进步二等奖，并先后主持、参加了国家重大专项课题2项、国家科技支撑计划1项、省科技厅、省中医局课题10余项。获省科技厅科技进步二等奖3项、三等奖1项。发表sci在内论文40余篇。