赵建军自担任博硕研究生导师期间，培养博士生14人，硕士研究生140人，指导全国老中医药专家学术继承人4人，现已成为全国各地多家医院的青年骨干。

       长春中医药大学附属医院脑病中心在赵建军教授带领下，建设和发展得到了国家中医脑病行业的认可，先后成为了中风病国家中医临床研究基地、国家卫生部重点专科，国家中医药管理局重点学科、重点专科、重点研究室。

       赵建军教授带领脑病科研究团队，参加了国家科技部“973”计划课题4项，国家科技部“863”计划课题2项，“十一五”支撑计划课题4项，主持省部级以上课题20余项；获得国家科技进步奖2项，省部级科技进步奖7项。参与编写医学著作5部，撰写学术论文100余篇，其中SCI 9篇，EI 2篇。

1.中医药治疗脑出血优势的研究 吉林省中医药学会科学技术奖 吉林省中医药学会 (2007-02-01-R01)第一名 

2.疏肝理气调神法治疗恶劣心境的机理研究 吉林省中医药学会科学技术奖 吉林省中医药学会(2007-02-02-R02)第二名

3.脑疏通口服液治疗出血性中风的临床研究 吉林省科技成果(2005382)第一名

4.脑脉康治疗缺血性中风痰瘀阻络证临床观察 吉林省科技成果 2005年

5.脑安滴丸研制与开发的研究 中华中医药学会科学技术二等奖(200402-17 ZY-24-R-01)第一名 

6:阿尔茨海默病型痴呆的辨证治疗及调心方研究 上海市科学技术进步二等奖(2004096363-2-07)第七名

7.中医中风先兆症临床流行病学调查及证候学研究 中华中医药学会科学技术三等奖(200403-11 LC-47-R-07)第七名 

8.天麻促智颗粒治疗血管性痴呆肝阳上亢症随机对照研究 吉林省科技厅成果(200447601)第一名 

9.脑安滴丸研制与开发的研究 吉林省科学技术成果 (2004119-01)第一名

10.中医药治疗脑出血优势的研究 吉林省科学技术成果(2003095-01)第一名

11.益肾化浊法治疗老年期血管性痴呆的研究 国家科技进步二等奖(2002-J-234-2-02-R09)第九名

著作：

1.现代中医必备丛书--神经内科病临床诊治 科学技术出版社 2005 主编 

2.中医脑病学 人民卫生出版社 2007 编委 

3.中药新药临床研究指导原则 中国医药科技出版社 2002 编委

4.中风后吞咽障碍的康复技术 科学技术文献出版社 2011 主编

5.中风后肢体痉挛的康复技术 科学技术文献出版社 2011 主编

       参加国家科技部“973”计划课题4项，国家科技部“863”计划课题2项，“十一五”支撑计划课题4项，主持省部级以上课题20余项。

         在临床工作中，赵建军先后担任长春中医药大学附属医院脑病科主任、脑病中心主任。在临床医疗实践中，赵建军继承与创新并举，以任老“脑髓理论”学术思想为基础，在此基础上创新提出“髓虚毒损”的脑病病机关键，并将之运用指导临床实践。同时以脑病的常见病、多发病（中风病、痴呆、不寐、痿病、郁病等）确立为学科学术发展目标和主要研究方向，形成了科学、合理、疗效确切的诊疗及康复方案，制定了相关病种的国家级临床诊疗路径。

         在出血性中风急性期的治疗中明确脑出血髓虚毒损的基本病机，深刻认识“离经之血便是瘀血”这一脑出血的病理过程，在全国率先提出“破血化瘀、泄热醒神”的创新治则；在痴呆临床研究中，以“髓虚毒损”的脑病病机关键为指导，运用这一创新理论，在临床上总结出适用于认知功能损害的中医药干预方法，并取得良好的治疗效果；在不寐的治疗上，以“营卫循行”理论指导慢性失眠辨治，并开展了多项临床验证及机制探索研究，在临床中做到效验理明；在疑难病痿病（吉兰-巴雷）临床诊疗中，创新性应用有毒中药炙马钱子，以“益髓通经”法治疗吉兰-巴雷综合征，取得了良好的临床疗效；针对郁病的诊治提出应从脏腑辨证与证候虚实两点来分析。从脏腑辨证角度来说，郁证的发生主要为七情内伤，肝气郁结。从证候虚实角度来说，实证病程较短，虚证则病情迁延日久，临床过程中也会出现虚实夹杂的情况，病久则正气不足，可表现为气血亏虚，或表现为上热下寒，同时又伴有气滞、火郁、血瘀、痰凝等病变。故治疗应以疏肝解郁法贯穿始终，可采用清肝泻火、除烦安神以治其标，火邪稍安，则可辨证论治，采用活血、行气、化痰之法以祛其因，在临床上多有效验。

        在科研方面，赵建军分别担任了国家中医临床研究基地中风病病种负责人，卫生部重点专科带头人，国家中医药管理局重点学科带头人、重点专科带头人、重点研究室主任。在赵建军的带领下，脑病科先后参加国家科技部七五、八五、九五、十五、十一五、十二五攻关（支撑）课题，创新提出了“破血化瘀、泄热醒神”治则，并提出了“破血化瘀、泄热醒神”特色方剂，通过临床试验证实该治则的合理性与有效性，明确了特色方剂的临床有效性与安全性；通过开展动物实验，明确了该治则指导下特色方剂的作用途径及分子机制。

        赵建军教授还参与编写、审核发布了系列临床指南。主要参与编写了《中医新药临床研究指导原则（2002）》（中国医药科技出版社），中国中西医结合学会、中华中医药学会、中华医学会联合发布的《脑出血中西医结合诊疗指南（2023）》，起草了中华医学会《吉兰-巴雷综合征临床路径（2019）》，主审了国家食品药品监督管理总局《中药新药治疗中风临床研究技术指导原则（2015）》、《中国阿尔茨海默病痴呆诊疗指南（2020）》等临床指南。